A Múzeum a korai 1980-as években kezdte el gyűjteni a szamizdat anyagokat. Gadó György, a demokratikus ellenzék tagja havonta felajánlotta az új kiadványokat a közgyűjteménynek. A szamizdatok gyűjtése alapvetően azután vált rendszeressé, hogy Nagy Csaba levéltáros a Múzeum Kézirattárába került. Nagy ugyanis érdeklődött a tiltott irodalom iránt: korábban az Országos Széchényi Könyvtár Zárt Részlegében folytatott kutatásokat, és a szamizdat kiadványok buzgó olvasója volt. Bár nem látogatott szamizdat árusító helyeket (mint pl. a Rajk butikot), de vásárolt vagy kölcsönzött szamizdatban megjelent írásokat a barátaitól. Saját példányait is szívesen kölcsönadta érdeklődő ismerőseinek. Egy idő után elvitte azokat a példányokat, amelyeket a Széchényi Könyvtárnak, s később a Petőfi Irodalmi Múzeumnak vásárolt. A szamizdat kiadványok általában elérthetetlenek voltak a nagyközönség számára. Zárt részlegben tartották őket, s még a létükről sem tudtak, míg valaki fel nem fedezte, hogy ezek kutathatóak a Múzeumban. Akkoriban külön engedélyt kellett kérni, hogy a zárt anyagokhoz hozzáférhessenek a kutatók. A meginterjúvoltak úgy emlékeztek, hogy soha nem volt olyan olvasójuk, aki hozzáférést kért volna a szamizdat gyűjteményhez. Nem minden szamizdat került a zárt részlegbe. Néhányukat, mint pl. George Orwell Állatfarmját az állandó gyűjteményben katalogizálták, mert azt regényként tartották nyilván, vagyis nem minősítették közvetlen politikai agitációs terméknek.
A Múzeum akkori igazgatója, az irodalomtörténész Botka Ferenc elkötelezett kommunista volt, aki ugyan nem kívánt teret és támogatást adni az ellenzékieknek, de taktikailag elfogadta a szamizdatgyűjtő gyakorlatot. Meggyőzték, hogy egy közgyűjteménynek az a feladata, hogy a magyar kiadványok teljes skáláját lefedje, ezért nem emelt kifogást Nagy Csabák működése ellen. Mészáros emlékei szerint Botka ebből a szempontból nem volt teljesen következetes, mert volt rá példa, hogy bizonyos anyagokat visszautasított, és nem járult hozzá a szélsőjobboldali illegális anyagok rendszeres gyűjtéséhez sem. Mindenesetre az kijelenthető, hogy Botka nélkül a szamizdatok gyűjtése sokkal kockázatosabb lett volna. Míg Botka párttagságból adódó befolyása védelmet nyújtott Nagy Csabának és munkatársainak, a Múzeum vezetőségét megosztotta a szamizdat őrzési tevékenység. Néhányan tiltakoztak a szamizdat kiadványok megőrzése ellen, többek között osztályvezetők is, s ez érintett olyan szamizdatokat, mint pl. Mindszenty Torontóban publikált visszaemlékezései. Az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltárában található jelentések szerint Szekeres László irodalomtörténész, a PIM munkatársa rendszeresen tájékoztatta a titkosrendőrséget a szamizdat gyűjteményről és Gadó György szamizdat terjesztő tevékenységéről.
A gyűjtemény nagysága csak a rendszerváltás után vált nyilvánvalóvá, amikor Nagy Csaba és kollégái kiállítást rendeztek az anyagról. A látogatók ekkor szembesülhettek azzal, hogy a gyűjtemény egyike a legjelentősebb szamizdat kollekcióknak az országban. Az egykori zárolt részlegben megőrzött anyag ma már az állandó gyűjtemény része. Napjainkban már nem kezelik különálló tematikus gyűjteményként. Az online katalógus segítségével kulcsszavas keresést is lehet folytatni a szamizdatok körében.