Az egyház egyik legfontosabb - ha nem legfontosabb - szolgálata az igehirdetés. Ez a vasárnapi prédikációknál jóval nagyobb területet ölel fel. A gyülekezeti igehirdetés mellett része ennek a misszió, az evangélium elvitele az emberek közé: a gyülekezeti élet csendesnapokkal, evangelizációkkal való megújítása, az egyháztól eltávolodott emberek megkeresése, valamint a külmisszió keretében az Isten igéjének megismertetése távoli területek lakóival. Bár a második világháború után még egy igen jelentős ébredési mozgalom bontakozott ki az országban, a úgy a bel- mind a külmissziói munka 1945-öt követően egyre nagyobb akadályokba ütközött. 1946. július 4-én belügyminiszteri rendelettel kezdődött meg a társadalmi valamint egyházi egyesületek, mozgalmak felszámolása. A következő lépésben, 1949. október 5-én a Belügyminisztérium jóváhagyta a Református Egyetemes Konvent Elnöksége a 14 legfontosabb egyesület feloszlatására irányuló előterjesztését. A fentiekkel párhuzamosan vált lehetetlenné a missziói munka is, melyet Bereczky Albert 1952. január 8-án az esperesekhez írott körlevele, és az ugyanazon év március 1-én hatályba lépő Missziói Szabályrendelet tetőzött be, mellyel a református egyház élettevékenysége a szószéki igehirdetésre szűkült le. Az egyház a törvények és az elöljárói által meghatározott mozgásterének szűkülésével párhuzamosan sok, addig nyilvános tevékenysége illegálisan folyt tovább. Csendesnapok, evangelizációs és ifjúsági alkalmak zajlottak más fedőtevékenységek álcája alatt, keresztény iratok terjedtek szamizdatként, gépiratos másolatban, a cenzúrát megkerülve.
Az 1945-1989 közötti magyar protestáns kulturális ellenállás legnagyobb forráscsoportjainak egyike Nádosy Ferenc Sárospatakon őrzött iratanyaga. A megközelítőleg 5500 oldalnyi kézirattári irat, 9 levéltári doboznyi - 3139 iratot felölelő - "missziói levéltár", valamint egy 2 kézirattári dobozt kitevő missziói vándorkiállítás anyaga 1981-től kisebb-nagyobb megszakításokkal folyamatosan került a szerző felajánlásaként Sárospatakra, a Református Kollégium Tudományos Gyűjteményei birtokába. Több esetben az írásoknak egyéb másolati példányai is előfordulnak a gyűjteményekben, melyek legnagyobb részt lelkészi hagyatékokból kerültek be. Az iratanyag részletes képet rajzol a kommunista diktatúra időszakában illegálisan működő református és evangélikus szerveződésekről és azok munkájáról, különös hangsúlyt fektetve a külmisszió kérdésére.
Nádosy Ferenc szemben állt a kommunista hatalomátvétellel, melyet az alábbiak szerint írt le: "Az új rezsim anyagi természetű ipari, gazdasági és társadalmi változásait sok tekintetben helyeseltem, de ideológiájának szellemi természetű megállapításait jórészt elutasítottam." Nádosy Ferenc szembekerülése a kommunista államhatalommal prognosztizálható volt. Szamizdat-szerzői és kiadói tevékenysége is ebben az időszakban, 1946-tól indult el.
A kommunista államhatalom első lépésben Nádosy ideológiai "átnevelésére" tett kísérletet. Hétről-hétre munkásbrigádok látogatták, akik folyamatosan próbálkoztak meggyőzésével - sikertelenül. Az első nyílt összeütközésre közte és a kommunista rezsim között az 1949-es választások kapcsán került sor. A Tótvázsonyban nyílt szavazásként lebonyolított választásokon mind Nádosy, mind a felesége - annak ellenére, hogy tisztában voltak tettük súlyával - a szavazatszámláló bizottság szeme láttára voksoltak a népfront ellen. Ezután rövidesen rendőrségi vizsgálat indult Nádosy Ferenc ellen, melyet a hivatása körében elkövetett visszaélés hiányában eredménytelenül zártak le. Hetekkel ezután végkielégítéssel elbocsátották orvosi állásából. Tótvázsonyból Szentantalfára került, majd az itt eltöltött két és fél évi magánorvosi praxis után munka után Litérre került. 1951-ben, miután az állami egészségügy az orvoshiány miatt nem talált megfelelő embert a Várpalota körzetébe, a megye vezető főorvosa megkereste Nádosy Ferencet újbóli alkalmazás céljából. Hosszú viták és egyeztetések után Nádosy egy feltétellel tért vissza az orvosi szolgálatba: az állami főhatóság a vezető főorvos aláírásával, pecsétjével, iktatószámmal ellátott dokumentumot állított ki, melyben pontosan rögzítették, hogy a marxizmus mely pontjait nem fogadja el, és velük szemben pontosan milyen álláspontot képvisel. Az irat ezen kívül biztosította Nádosy számára, hogy kizárólag orvosi ismereteire, és nem hitének megtagadására tart igényt az állam. Várpalota környékéről rövid szolgálat után hamarosan Litérre került körzeti orvosnak, ahol 14 éven keresztül szolgált, nyugdíjazásáig. Ezt követően Balatonalmádiba költözött. Itt töltötte élete utolsó éveit.
Mivel a kommunista államhatalom a kezdetektől nem tűrte Nádosy Ferenc tevékenységét, a litéri körzetben eltöltött időszak alatt rendőri kihallgatásoknak, házkutatásoknak, főnöke részéről pedig folyamatos zaklatásnak és maximális leterhelésnek volt kitéve. Történt ez annak érdekében, hogy az általa végzett missziói szolgálatot feladja. Tevékenységét a kommunista állambiztonság is folyamatosan nyomon követte: az 1950-es évektől az 1970-es évekig készültek róla jelentések, neve pedig több, "vallásos propagandaanyagok fordítása és terjesztése" kapcsán indult vizsgálatban első helyen került elő.
Nádosy missziói munkáját saját kortársai szerint is a legszükségesebb időszakban kezdte meg. A kommunista hatalomátvételt követően nem sokkal, 1949-ben a Magyarországi Református Egyház vezetése felszámolta a külmisszió intézményi hátterét biztosító Magyar Református Külmissziói Szövetséget. Amint a külmisszió egyik kiemelkedő képviselője, Draskóczy László fogalmazott, a misszióval foglalkozókon lelki bénultság lett úrrá. Ebben az időben érkezett hozzá Nádosy Ferenc levele, aki adatokat kért Molnár Mária, a II. világháború alatt az Admirális-szigeteken a japánok által meggyilkolt misszionáriusnő munkájáról, valamint a Lebenzelli és Manus-szigeti misszió címe után érdeklődött nála. Nádosy ezt követően postai kapcsolatot létesített a fent említett intézményekkel. Missziói munkája során Nádosy Ferencnek nem csak a Lebenzelli és Manus-szigeti misszióval sikerült felvennie a kapcsolatot, hanem több más hellyel is. Egy 1956 előtt keletkezett forrás szerint ekkor már kapcsolatban állt a Truk-szigeti (Karolina szigetek) misszióval, egy japánban dolgozó misszionáriussal, valamint levelezésén keresztül tájékoztatást kapott Billy Graham evangelizációs útjáról, a kínai missziói munkáról, a brazil, francia, olasz ébredési mozgalmakról is.
A folyamatosan bővülő kapcsolatrendszerén, kiterjedt levelezésen keresztül szerzett híreket Nádosy Ferenc szamizdat formájában adta közre. 1955 júniusától 1956 márciusig Missziói levelek, 1956-1958 között Missziói lapok, 1958. júniustól 1963 februárig pedig Misszió címen szerkesztett 25-30 oldalas lapokat. Az 1970-es és 1980-as években Külmissziói körlevél, Missziói Körlevél címen folytatta tovább ugyanezen munkáját. Nádosy Ferenc szamizdat missziói lapja köré már az 1950-es években informális missziói munkaközösség szerveződött. A Misszió 23 közreadott számán 15, a nevét is vállaló szerző dolgozott, az előállítási és sokszorosítási munkálatok kapcsán pedig további négy ember nevét ismerjük az 1950-es évekből. A lapok terjesztését Nádosy postán oldotta meg. Az írógéppel történő előállítás során egyszerre több példányt is készített, melyeket külön azonosítóval látott el. Ezeket küldte tovább levelezőpartnerei és olvasói számára. A rendelkezésre álló példányok számának szűkös volta miatt használta Nádosy az általa "körkapcsolásnak" nevezett technikát, melynek során több címzett meghatározott sorrendben olvasta ugyanazt a példányt. Más esetben írásban kérte a olvasóját, hogy a megküldött dokumentumot a kézhezvétel után 2-3 héttel juttassa vissza. Magukról az olvasóiról keveset tudunk. 1983 decemberi körlevelében annyit író róluk hogy van köztük lelkészcsaládból származó fiatal, ügyész, pszichológus, pszichiáter, parókus lelkész, valamint idős egyházi vezető is.
Nádosy missziói munkája nem merült ki a kapcsolattartásban és a tájékoztatásban. Levelezésének tanulsága szerint segélyakciók szervezésében is részt vett. Egy 1976-ban kelt levél arról árulkodik, hogy valószínűleg már 1969 előtt a dunamelléki baptisták a Nádosy missziói közössége által is támogatott kézimunka akciója keretében 9000 Ft pénzadományt juttattak el a Bázeli Misszión keresztül Indiába. Ott ebből a pénzből egy falu kutat építhetett. Az említett 1976-ban íródott levél egy másik segélyakcióról is beszámol: ebben a missziói közösség és a dunamelléki baptisták összesen 30000 forinttal járultak hozzá a szentendrei Vöröskereszt egy Etiópiába eljuttatott támogatásához. Ugyancsak 1976-ban egy másik forrás arról számol be, hogy Nádosy Ferenc MNB engedéllyel a Szovjetunióba küldött segélycsomagot, 1978-ban a Nyugat-Németországban működő Evangélikus Kármelmisszió számára próbált pénzt küldeni, 1980-ban pedig a békési árvízkárosultak megsegítését kezdte el szervezni.
A missziói tárgyú írások mellett Nádosy Ferenc munkásságának a kezdetektől részét képezik a társadalom és a kereszténység helyzetét elemző írások. Így született meg 1948-ban a Spiritualismus und materialismus című munka, 1951-ben a Krisztusi magatartás szovjeturalom alatt és a nagygazdagok hatalmában, 1954-ben a Kiút a materializmus tévedéseiből, 1969-ben a Materializmus, idealizmus, keresztyénség. Az 1970-es évektől értekezik a beat, a hippik, a szexualitás, valamint a huligánok, a csövesek, a kábítószer kérdéseiben is. Ez irányú munkássága az 1980-as évekig tart. Ekkortól váltják fel a gyűjteményben ezeket az írásokat világpolitikai elemzései, és a teológia és természettudományok összeegyeztetésére tett kísérletek. Az előbbiek tárgya a legtöbb esetben a nukleáris fenyegetettség, a terrorizmus, az évtized végétől pedig a glasznoszty. Ezen írásainak terjesztési stratégiáját a Messzelátó című, 1989 végén született írásában ismertette Nádosy. Eszerint politikai és politikai-futurológiai írásait a kormányzat, diplomácia, a tudományos és a tömegkommunikáció számos szereplőjével is megosztotta. Ennek több nyomát is megtaláljuk az írásokban. 1983 decemberében született körlevelében említi, hogy az Érett ésszel, józanul című írást elküldte egy budapesti hetilap szerkesztőjének is. Bár tudatában van annak, hogy közölni nem fogják, reméli, hogy egyes gondolatai megfogannak az újságíróban. Egy másik, személyes levelében ugyanezen óhajt fogalmazza meg a politikusok és diplomáciai szereplők kapcsán. A 80-as évek végétől munkáit már hozzájuk is eljuttatta. Van olyan külpolitikai tárgyú tanulmánya, melyet a Magyar Szocialista Munkáspárt Központi Bizottsága, a Minisztertanács Titkársága, a Hazafias Népfont, a magyar Kommunista Ifjúsági Szövetség, a Magyar Tudományos Akadémia Titkársága, valamint a Brit és Szovjet Nagykövetségek is megkaptak.
A hagyaték még Nádosy életében, több részletben került Sárospatakra. Egy része Nádosy iratmissziójának keretein belül érkezett, másik része, a "missziói levéltár" a kialakítandó önálló gyűjtemény céljával. Ez valószínűleg 1981 júniusában került Sárospatakra.
