Az Országos Tudományos Kutatási Alapprogramok (OTKA) nevű finanszírozási forma a magyarországi pártállam utolsó időszakában jött létre. Az 1980-as évek elejétől kezdve a magyarországi alapkutatások támogatása csökkenni kezdett. A kormány - elsőként a szocialista országok közül - egy független alapot hozott létre a tudósok támogatására és a nyugati tudományos felzárkózás elősegítésére. Az 1986-ban alapított, 1991-től független alapként működő, és 1993-ban törvényileg szabályozott OTKA az egyetlen olyan magyarországi forrás, amely rendkívüli mértékben képes támogatni az alapkutatásokat. A pályázás rendszere felkészítette a magyar kutatókat a nemzetközi szervezetekben való részvételre. Hasonlóan a European Research Council-hoz (ERC), az OTKA is a magas szintű alapkutatásokat támogatja. Az OTKA munkáját elsősorban az állami költségvetésből fedezik. A legjobb magyarországi kutatóknak és kutatóhelyeknek emellett extra támogatást is adományozhat a szervezet. Az OTKA a nemzetközi szervezetekben való aktív közreműködésével képviseli a magyar tudományt, az európai kutatási alapok által támogatott pénzügyi együttműködési programokban is részt vesz. Az elmúlt években az OTKA pályázati rendszere rugalmasan változott. 2012 óta a pályázati rendszer két nagy pályázati típusból, és egy kiegészítő típusból áll. Az első és legnépszerűbb a kutatási pályázatok. A második a fiatal kutatókat támogatja. A kiegészítő pályázatok a publikálást segítik.
2015-ben az OTKA Irodája összeolvadt a Nemzeti Innovációs Hivatallal, amely egy központi kormányzati szerv, és létrejött a Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Hivatal. Ma az OTKA Iroda ennek a szervezetnek a része.