1859-ben a Habsburg Birodalom területén létrejött a Congregatio Austriaca, amelybe a zirci ciszterci apátság is beletartozott. 1920-ban az Osztrák-Magyar Monarchia részekre bomlott, és időszerűvé vált, hogy a magyar ciszterciek saját viszonyaiknak megfelelően önálló kongregációt alkossanak. 1923-ban XI. Pius pápa felállította a Ciszterci Rend Zirci Kongregációját, amelynek központja Zirc, feje a zirci apát. Ekkor hozzátartozott a Szentgotthárdi Apátság, amelynek címét a zirci apát viseli, továbbá az egri, székesfehérvári, pécsi, bajai, budai és előszállási rendház és a budapesti tanulmányi ház. 1947-től 1977-ig a nagyrészt magyar ciszterciektől benépesített amerikai Spring Bank perjelség (Wisconsin, 1963-tól apátság), 1955-től a magyar ciszterciek által alapított Dallas-i perjelség (1963-tól apátság), végül 1996-tól a ciszterci nővérek apátsága, a Boldogasszony Háza Kismaroson a Zirci Kongregáció tagja lett. A Zirci Kongregáció konstitúcióját hosszú előmunkálatok után először 1941-ben hagyta jóvá a Szentszék.

Magyarországon az államhatalom 1950. szeptember 7-én megtiltotta csaknem az összes szerzetesrend működését, köztük a ciszterciekét is. 1989-ben, amikor a szerzetesrendek újraszerveződhettek, a Zirci Kongregációnak új alkotmányra, új konstitúcióra volt szüksége a megváltozott körülmények miatt, mert akkor már két (Zirc, Dallas), 1996-tól Kismarossal már három apátság tartozik a Kongregációhoz. A Szentszék 1991-ben és 2000-ben jóváhagyta a Zirci Kongregáció új konstitúcióját. A Kongregáció elnöke, prézes apátja a mindenkori zirci apát, közgyűlésének, káptalanjának tagjai a kormányzó apátok és az apátságok választott küldöttei.