1974-ben jött létre, amikor a Magyar Tudományos Akadémia egyesítette a korábban széttagolt zenetudományi és népzenei kutatásait. Az intézet 1984-ben került jelenlegi helyére, az Erdődy-Hatvany palotába. A Zenetudományi Intézet ezáltal összefogja és kezeli a 20-21. századi Magyar Zenei Archívumot, a Bartók Archívumot, Magyar Zenetörténeti Osztályt, Népzene-és Néptánckutató Osztályt és Archívumot, a Régi Zenetörténeti Osztályt, a Zenetörténeti Múzeumot és a Zenetudományi Szakkönyvtárat. A Lajtha hagyaték a 20-21. századi Magyar Zenei Archívumban található.