A Sárospataki Református Kollégium Tudományos Gyűjteményei a Nagykönyvtárból, az ahhoz tartozó Kézirattárból és különleges gyűjteményekből, a Levéltárból, a Múzeumból és Adattárból áll. A Sárospataki Református Kollégiumot 1531-ben alapították. Az e korszakban keletkezett nyomtatott szövegeket, kéziratokat és más levéltári anyagokat összegyűjtötték. A senior diákok által választott hivatalnokok őrizték a dokumentumokat dobozokban és könyvszekrényekben. 1641-ben külön szoba épült a könyvtárnak. Az ellenreformáció időszaka után számos tudós gyarapította a könyvtárat, melynek állománya gyorsan növekedett. A 20. század elejére létrejött a kb. 100 000 példányból álló „Nagykönyvtár.” Napjainkban több mint 500 000 kötetet őriz a gyűjtemény. A Kollégium Múzeuma különböző gyűjteményekből alakult ki az 1700-as években. A 17. század második felében már létezett a „fizikai” gyűjtemény, majd a 18. században létrejött a „numizmatikai” és „természettudományi” kollekció, a 19. században pedig kialakították a „szépművészeti” és „régészeti” gyűjteményeket is.

A levéltár a Tiszáninneni Református Egyházkerületnek, egyházmegyéinek és egyházközségeinek, valamint a Sárospataki Református Kollégium különböző részintézményei által létrehozott iratainak gyűjtőlevéltára. A 17. század végi üldöztetések rányomták bélyegüket a levéltár történetére is, a korabeli, illetve az azt megelőző korszak iratainak jelentős része megsemmisült vagy elveszett. A Kollégiummal együtt a levéltár is megújult 1703 után. A kollégiumi és az egyházkerületi levéltárakat 1890-ben egyesítették. A levéltár 1951-ben gyűjtőlevéltárrá alakult át. Ezzel egyidőben kezdődtek a „mentőakciók”, amikor az egyházmegyei és egyházközségi iratok jelentős mennyiségét sikerült archiválni. Ma az állomány 380 fondban 471 iratfolyóméter terjedelmű. A vidéki Magyarországgal és Amerikában élő magyarok írásaiból hozták létre az Adattárat. Ez a gyűjtemény ma 250 000 dokumentumot tartalmaz.