A Néprajzi Múzeum születésnapját 1872. március 5-én tartja számon a néprajz tudománytörténet, amikor Xántus Jánost (1825-1894) kinevezték a Magyar Nemzeti Múzeum Ethnographiai Osztályának őrévé. Az ezt követő évtizedek során a múzeum néprajzi gyűjteménye gyorsan gyarapodott, így a 20. század elejére, már európai szinten is elismertté vált. A múzeum munkatársai minden olyan tárgyat, kéziratot, fotót, filmet, népzenét, népdalt és más szóbeli szövegeket gyűjtöttek, amelyek a népi kultúrával kapcsolatban álltak. De nem csak magyar és kárpát-medencei gyűjtések voltak fontosak, hanem több olyan kutatóval is találkozhatunk, akik Európán kívül végeztek néprajzi és antropológiai terepmunkát, így például amikor Torday Emil és Teleki Sámuel Afrikából, Bíró Lajos Új-Guineából, Róheim Géza Ausztráliából, Diószegi Vilmos Szibériából és Mongóliából hazatértek, a munkájuk során gyűjtött anyagokkal a múzeum nemzetközi gyűjteményét gyarapították.  Az 1930-as években, a múzeum munkatársai olyan munkák készítésében is részt vettek, mint A magyarság néprajza kézikönyv négy kötetének és a Magyar Népművészet köteteinek kiadása. Az 1930-as évek végén az Ethnológiai Archívum is létrejött a múzeum részeként. A Néprajzi Múzeum 1947-ben vált függetlenné a Magyar Nemzeti Múzeumtól és új épületbe is költözött. A szocializmus évtizedei alatt számos kutatás, mint például a tiszaigari, az átányi anyaga a múzeum gyújteményébe került. Ezekben az évtizedekben a kutatók még tudták dokumentálni azt a paraszti kulturát, ami az iparosodás, a kollektivizálás miatt a későbbi évtizedekben eltűnt. A Néprajzi Múzeum munkatársai között több olyan személlyel is találkozhatunk, akik a szocializmusban nem kívánatos elemeknek számítottak, pl. Lajtha László, Erdélyi Zsuzsanna stb., akiknek a gyűjtései ma már felbecsülhetetlenek. A múzeum állandó kiállítása A magyar nép hagyományos kultúrája címet viseli, és a magyar parasztság mindennapjait és ünnepeit mutatja be. A kiállításban látható remekművek gyűjtési és készítési ideje a 18. század végétől a 2. világháborúig terjed.

A Néprajzi Múzeum 1973-ban költözött be a Kossuth téri Igazságügyi Palotába. 2017. decemberben az intézmény bezárt, mert a magyar kormány úgy döntött, hogy a budapesti múzeumi negyed kialakítását célzó Liget-projekt részeként az intézményt áthelyezi az 56-osok terére. A múzeumi negyed kialakítása annak a nagyszabású köztér és középület átalakító vállalkozásnak a része, melynek során számos, hagyományosan kulturális intézménynek helyet adó épület (a tudományos kutatóintézetek, az Országos Széchényi Könyvtár a budai Várban vagy a Természettudományi Múzeum a Népligetben) kormányzati és közigazgatási hivatalokat (minisztériumokat) fogad be és politikai funkciókat kap. A Néprajzi Múzeumnak helyt adó Igazságügyi Palotát is felújítják és 19. századi bírósági funkciójának adják át újra. 2017 után a Múzeum munkatársai megkezdték a mintegy 250 ezer műtárgy előkészítését az áthelyezéshez, amely a magyar történelem eddigi legnagyobb volumenű műtárgyköltöztetése. Hozzáláttak az 56-osok terén az új múzeum építésének is, a terveket a magyar Napur építésziroda készítette, mely 2018-ban az International Property Awardson elnyerte a „Világ legjobb középülete” díjat. A tervek szerint 2022-ben fog megnyílni az új, nagyobb kiállítótérrel rendelkező múzeum.