Az Eötvös Loránd Tudományegyetem Levéltára Magyarország első, legrégebbi egyetemi achívuma. 1958-as felállítása a történelmi körülmények miatt sajnálatosan megkésett intézkedés volt. Az egyetemi iratanyag széttagoltan, de nagyobb károsodás nélkül vészelte át a II. világháborút. Az 1950-es évek elején az egyetem sok iratot átadott a Magyar Országos Levéltárnak. Sajnos az 1956-os forradalom idején a Levéltárat ért szovjet tüzérségi találat következtében az egyetem számos anyaga elégett. A pusztulás egyetlen pozitív következménye az volt, hogy végre megszülethetett a megmaradt iratok őrzésére az egyetemi levéltár 1958-ban.

A Levéltár kezdetben rendkívül szegényes körülmények között működött az egyetem központi épületének negyedik emeletén. 1964-ben kapott helyet a gyűjtemény az Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Karának Ludovika téri (akkor Kun Béla tér) épületében, 1973-tól a Levéltár az Egyetemi Könyvtár részlegeként működött tovább. 1983-ban az egyetemi levéltár szaklevéltárrá alakult, önálló szakmai irányítással és költségvetéssel. 2000 után az egyetemnek és a levéltárnak el kellett hagynia az egykori Ludovika Akadémia épületét, mert az állam azt a Természettudományi Múzeum rendelkezésére bocsátotta. 2004-ben a levéltár az Egyetemi Könyvtárba és egy Nagyvárad téri raktárba költözött, végül 2005-ben a Levéltár megkapta a volt egyetemi nyomda Maglódi úti épületét, ahol fennállása során a Leváltár először jutott teljesen önálló, saját épülethez, mely több mint 800 m²-es területen helyezkedik el. A raktárak mintaállványozottak, ahol mintegy 1300 folyóméter irat helyezhető el. Mindemellett 2008-ban két újabb régi raktárépületet is a Levéltárnak adtak, ahol további iratanyagok elhelyezésére is van kapacitás.