A Bethlen Gábor Alapítvány gyakorlatilag 1980-tól létezik, bár hivatalosan 1985-ben hagyták jóvá a működését. 1979 őszén Bakos István, a magyar népi-nemzeti ellenzék képviselője értelmiségi körben felvetette, hogy a Magyarországgal szomszédos szocialista országokban kulturálisan elnyomott magyar kisebbségek helyzetének javítására létre kellene hozni egy alapítványt. 1979 Karácsonyától 1980 Húsvétjáig 65 személyt nyertek meg Bakos azon kezdeményezéshez, hogy hozzanak létre egy közérdekű magánalapítványt, melyet a 17. századi erdélyi fejedelemről, Bethlen Gáborról kívántak elnevezni. Az alapítvány engedélyezését kérő beadványt eljuttatták 1980 áprilisában a kulturális miniszterhez, de a kormány – többszöri sürgetés ellenére –halasztotta az ellenzékiekkel való találkozást. Az első érdemi eszmecsére 1981. november 19-én került sor, ekkor Pozsgay Imre művelődésügyi miniszter személyes támogatásáról biztosította a kezdeményezőket. 1982. május 5-én az Alapítványt létrehozni szándékozók a Kárpátia Étteremben Előkészítő Bizottságot választottak azért, hogy készítsék el az alapszabály-tervezetet. Pozsgay 1982-es leváltása, a népi-nemzeti ellenzéket ért retorziók azonban ismét megakasztották a folyamatot. 1984 nyarán Bakos és társai Kádár János pártfőtitkártól kérték levélben, hogy engedélyezzék az Alapítvány létrejöttét, végül 1985 június 11-én a művelődési miniszter hivatalosan is jóváhagyta a Bethlen Gábor Alapítvány megalakulását, melynek Márton János közgazdász lett az elnöke, Nagy Gáspár költő pedig a titkára. 1988. január 29-én az Alapítvány jogi személlyé vált.
