Márton Áron születésének centenáriuma segített a püspök megismerésében, ismertetésében. Marton József ekkor kezdte el a Márton Áron hagyaték tudományos feldolgozását, kiadását, mely aztán a Gyulafehérvári Főegyházmegyei Levéltár Érseki és Főkáptalani Levéltárához tartozó Márton Áron Emlékgyűjtemény rendezéséhez és jelenlegi arculatának kialakulásához vezetett. A hagyaték kezelésével megbízott teológiai tanár már korábban, 1991-ben, a püspök boldoggá avatásához beindított perhez is vállalta az anyaggyűjtést. Majd 1996-ban a Márton Áron 100. éves születési évfordulója alkalmával szervezett kolozsvári, gyulafehérvári és csíkszentdomokosi ünnepségeknek a vezetője volt. Szerkesztőként ekkor jelentette meg a Márton Áron Emlékkönyvet, melyben a papnövendékről, a kispapról, a népnevelőről és a püspökről írva „régi barátai és sorstársai, munkatársai és betegségben ápolói, távolságból szemlélői és tisztelői” a tisztelgő emlékezésen túl megpróbálták Márton Áron személyiségét felragyogtatni.

Az 1996-os kiadvány megnyitotta a püspöknek dedikált munkák hosszú sorát, amelyek anyagát a Gyulafehérvári Márton Áron Emlékgyűjtemény szolgáltatta. 1996-1997-ben Marton szerkesztésében jelent meg a kétkötetes Márton Áron írásai és beszédei című munka, és a püspök tisztelete terjesztésére az ő nevéhez fűződik a boldoggá avatási pert szolgáló füzetalakban nyomtatott Márton Áron, Erdély püspöke című rövid életrajz is (2002), amely németül (2002) és románul (2002, 2008) is megjelent. Marton 2005-től kezdve 2014-ig, előbb a marosvásárhelyi Mentor Kiadónál, majd a csíkszeredai Pro-Printnél sorozatban adta ki Márton Áron írásait tematikus kötetekben. Ennek megfelelően 2018-ig 16 kötetet publikált a „Márton Áron hagyaték” sorozatban.